Krisis ekonomi 1997 telah mengakhiri periode panjang era Orde Baru dan memasuki era reformasi. Aspirasi yang hidup dalam masyarakat, menginginkan komitmen yang kuat terhadap nilai-nilai Hak Asasi Manusia (HAM), tegaknya hukum dan keadilan, pemberantasan KKN, dan demokratisasi, tata kelola pemerintahan yang baik (good governance), transparansi, dan akuntabel terus didengungkan, termasuk diantaranya tuntutan percepatan otonomi daerah.

Pelayanan di loket permohonan paspor.
Sementara itu globalisasi informasi membuat dunia menyatu tanpa batas, mendorong negara-negara maju (WTO) untuk menjadikan dunia berfungsi sebagai sebuah pasar bebas mulai tahun 2000, serta mengutamakan perlindungan dan penegakam HAM serta demokratisasi. Arus globalisasi juga mengakibatkan semakin sempitnya batas-batas wilayah suatu negara (bordeless countries) dan mendorong semakin meningkatnya intensitas lalulintas orang antarnegara. Hal ini telah menimbulkan berbagai permasalahan di berbagai negara termasuk Indonesia yang letak geografisnya sangat strategis, yang pada gilirannya berpengaruh pada kehidupan masyarakat Indonesia serta bidang tugas keimigrasian. Dalam operasional di lapangan ditemukan beberapa permasalahan menyangkut orang asing yang memerlukan penanganan lebih lanjut. Lingkungan strategis global maupun domestik berkembang demikian cepat, sehingga menuntut semua perangkat birokrasi pemerintahan, termasuk keimigrasian di Indonesia untuk cepat tanggap dan responsif terhadap dinamika tersebut. Sebagai contoh, implementasi kerja sama ekonomi regional telah mempermudah lalu lintas perjalanan warga negara Indonesia maupun warga negara asing untuk keluar atau masuk ke wilayah Indonesia. Lonjakan perjalanan keluar atau masuk ke wilayah Indonesia tentu membutuhkan sistem manajamen dan pelayanan yang semakin handal dan akurat. Tugas keimigrasian saat ini semakin berat seiring dengan semakin maraknya masalah terorisme dan pelarian para pelaku tindak pidana ke luar negeri. Untuk mengatasi dinamika lingkungan strategis yang bergerak semakin cepat, bidang keimigrasian dituntut mengantispasi dengan berbagai peraturan perundang-undangan dan sarana-prasarana yang semakin canggih. Peraturan dan kebijakan keimigrasan juga harus responsif terhadap pergeseran tuntutan paradigma fungsi keimigrasian. Jika sebelumnya paradigma fungsi keimigrasian dalam pelaksanaan Undang Undang Nomor 9 Tahun 1992 lebih menekankan efisiensi pelayanan untuk mendukung isu pasar bebas yang bersifat global, namun kurang memperhatikan fungsi penegakan hukum dan fungsi sekuriti, mulai pada era ini harus diimbangi dengan fungsi keamanan dan penegakan hukum.
Dalam menghadapi masalah dan perkembangan dalam dan luar negeri tersebut, Direktorat Jenderal Imigrasi pada Era Reformasi ini telah melakukan beberapa program kerja sebagai berikut:
- Penyempurnaan Peraturan Perundang-Undangan
Pemerintah memperbaharui Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1992 tentang Keimigrasian. Hal ini berdasarkan beberapa perkembangan yang perlu diantisipasi, yakni: (1) Letak geografis wilayah Indonesia (kompleksitas permasalahan antar negara), (2) Perjanjian internasional/konvensi internasional yang berdampak terhadap pelaksanaan fungsi keimigrasian, (3) Meningkatnya kejahatan internasional dan transnasional, (4) Pengaturan mengenai deteni dan batas waktu terdeteni belum dilakukan secara komprehensif, (5) Pendekatan sistematis fungsi keimigrasian yang spesifik dan universal dengan memanfaatkan teknologi informasi dan komunikasi yang modern, (6) Penempatan struktur kantor imigrasi dan rumah detensi imigrasi sebagai unit pelaksana teknis di bawah Direktorat Jenderal Imigrasi, (7) Perubahan sistem kewarganegaraan berdasarkan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2006 tentang Kewarganegaraan Republik Indonesia, (8) Hak kedaulatan negara sesuai prinsip timbal balik (resiprositas) mengenai pemberian visa terhadap orang asing, (9) Kesepakatan dalam rangka harmonisasi dan standarisasi sistem dan jenis pengamanan dokumen perjalanan secara internasional, (10) Penegakan hukum keimigrasian belum efektif sehingga kebijakan pemidanaan perlu mencantumkan pidana minimum terhadap tindak pidana penyelundupan manusia, (11) Memperluas subyek pelaku tindak pidana Keimigrasian, sehingga mencakup tidak hanya orang perseorangan tetapi juga korporasi serta penjamin masuknya orang asing ke wilayah indonesia yang melanggar ketentuan keimigrasian, (12) Penerapan sanksi pidana yg lebih berat terhadap orang asing yang melanggar peraturan di bidang keimigrasian karena selama ini belum menimbulkan efek jera.

Suasana kerja proses penyelesaian penerbitan paspor di seksi lalu lintas keimigrasian (Lantaskim) kantor imigrasi.
Usulan untuk memperbarui Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1992 tentang Keimigrasian-pun segera dimasukkan dalam Program Legislasi Nasional (Prolegnas) untuk dibahas oleh lembaga legistlatif (DPR). Setelah melalui pembahasan yang cukup panjang dengan Komisi III DPR, akhirnya Rancangan Undang-Undang Keimigrasian yang baru disetujui dan diusulkan untuk disahkan menjadi Undang-Undang pada Rapat Paripurna DPR tanggal 7 April 2011. Selanjutnya pada tanggal 5 Mei 2011, Presiden Republik Indonesia mengesahkan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2011 tentang Keimigrasian, yang diundangkan dalam Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2011 Nomor 52, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 5126.
- Kelembagaan
Sebagai dampak pelaksanaan otonomi daerah dan perkembangan yang terjadi di beberapa negara, maka tugas keimigrasian di daerah provinsi, kota/kabupaten maupun di negara yang bersangkutan terus mengalami peningkatan sejalan dengan karakteristik dinamika kehidupan masyarakat. Untuk mengantisipasi fenomena demikian Direktorat Jenderal Imigrasi telah membuat langkah kebijakan: (1) Pembentukan kantor-kantor imigrasi di daerah, (2) Peningkatan kelas beberapa kantor imigrasi, (3) Pembentukan direktorat intelijen, (4) Pembentukan rumah detensi imigrasi, (5) Penambahan tempat pemeriksaan imigrasi, dan (6) Pembentukan atase/konsul imigrasi pada perwakilan RI di Guangzhou-RRC.
Adapun jumlah kelembagaan imigrasi yang tersebar di daerah dan di luar negeri sampai dengan saat ini adalah sebagai berikut:
1) 115 kantor imigrasi, yang terdiri dari terdiri dari :
- a) 7 kantor imigrasi kelas I khusus di :
Soekarno-Hatta, Batam, Ngurah Rai, Jakarta Barat, Jakarta Selatan, Medan, dan Surabaya.
- b) 38 kantor imigrasi kelas I di :
Ambon, Balikpapan, Banda Aceh, Bandar Lampung, Bandung, Banjarmasin, Bengkulu, Denpasar, Gorontalo, Jakarta Pusat, Jakarta Timur, Jakarta Utara, Jambi, Jayapura, Kendari Kupang, Makassar, Malang, Manado, Mataram, Padang Palangkaraya, Palembang, Palu, Pangkal Pinang, Pekanbaru, Polonia, Pontianak, Samarinda, Semarang, Serang, Surakarta, Tangerang, Tanjung Pinang, Tanjung Perak, Tanjung Priok, Ternate, Yogyakarta.
- c) 60 kantor imigrasi kelas II di :
Atambua, Bagan Siapi Api, Belakang Padang, Belawan, Bengkalis, Biak, Bitung, Blitar, Bogor, Bukit Tinggi, Cilacap, Cilegon, Cirebon, Depok, Dumai, Entikong, Jember, Karawang, Kota Baru, Kuala Tungkal, Langsa, Lhokseumawe, Madiun, Mamuju, Manokwari, Maumere, Merauke, Meulaboh, Muara Enim, Nunukan, Pare-Pare, Pati, Pemalang, Pematang Siantar, Polewali Mandar, Ranai, Sabang, Sambas, Sampit, Sanggau, Selat Panjang, Siak, Sibolga, Singaraja, Singkawang, Sorong, Sukabumi, Sumabawa Besar, Tahuna, Tanjung Balai Asahan, Tanjung Balai Karimun, Tanjung Pandan, Tanjung Uban, Tarakan, Tasikmalaya, Tembaga Pura, Tembilahan, Tobelo, Tual, dan Wonosobo.
- d) 10 kantor imigrasi kelas III di :
Bekasi, Dabo Singkep, Kalianda, Tarempa, Kota Bumi, Pamekasan, Kediri, Tanjung Redep, Takengon, dan Labuan Bajo.

Peresmian gedung baru Kantor Imigrasi (KANIM) Wonosobo, Cilacap, dan Pati oleh Menteri Hukum dan HAM, Amir Syamsudin.
2) 13 rumah detensi imigrasi di :
Tanjung Pinang, Balikpapan, Denpasar, DKI Jakarta, Kupang, Makassar, Manado, Medan, Pekanbaru, Pontianak, Semarang, Surabaya, dan Jayapura.

Peletakan batu pertama pembangunan blok sel – rumah detensi imigrasi (RUDENIM) Semarang, Batam dan Balikpapan
oleh Menteri Hukum dan HAM, Amir Syamsudin.
3) 33 tempat pemeriksaan imigrasi :
- a) Bandar udara di :
Sultan Iskandar Muda Banda Aceh, Maimun Saleh Sabang, Binaka Sibolga, Polonia Medan, Minangkabau Padang, Fatmawati Soekarno Bengkulu, Kijang Tanjung Pinang, Sultan Syarif Kasim II Pekanbaru, Hang Nadim Batam, Sultan Mahmud Badaruddin II Palembang, Belitung Tanjung Pandan, Pangkal Pinang Pangkal Pinang, Soekarno-Hatta Jakarta, Halim Perdana Kusuma Jakarta, Husein Sastranegara Bandung, Ahmad Yani Semarang, Adi Sumarmo Surakarta, Adi Sucipto Yogyakarta, Juanda Surabaya, Supadio Pontianak, Sepinggan Balikpapan, Tarakan, Sam Ratulangi Manado, Hasanuddin Makassar, Ngurah Rai Bali, Selaparang Mataram, El Tari Kupang, Pattimura Ambon, Sentani Jayapura, Jeffman Sorong, Frans Kaisiepo Biak, Mopah Merauke, dan Timika Tembagapura.
- b) Pelabuhan laut di :
Sabang, Malahayati Aceh, Krueng Raya Aceh, Lhokseumawe, Kuala Langsa Aceh, Belawan, Sibolga, Gunung Sitoli Sibolga, Teluk NibungTanjung Balai Asahan, Kuala Tanjung Tanjung Balai Asahan, Teluk Bayur Padang, Yos Sudarso Dumai, Pekanbaru, Bagan Siapiapi, Bengkalis, Tembilahan, Selat Panjang, Sungai Guntung Tembilahan, Kuala Enok Tembilahan, Sri Bintan Pura Tanjung Pinang, Sri Baintan Tanjung Pinang, Tanjung Uban, Bandar Bentan Telani Lagoi Tanjung Uban, Bandar Seri Udana Lobam Tanjung Uban, Tanjung Balai Karimun, Belakang Padang, Nongsa Terminal Bahari Batam, Kabil Batam, Marina Teluk Senimba Batam, Batam Centre Batam, Citra Tritunas Batam, Batu Ampar Batam, Sekupang Batam, Ranai, Tarempa, Pulau Baai Bengkulu, Panjang Lampung, Palembang, Pangkal Balam Pangkal Pinang, Tanjung Kelian Bangka Belitung, Tanjung Gudang Bangka Belitung, Tanjung Pandan, Jambi, Kuala Tungkal, Tanjung Priok Jakarta, Cirebon, Ciwandan Cilegon, Tanjung Mas Semarang, Cilacap, Tanjung Perak Surabaya, Pasuruan, Probolinggo, Besuki, Panarukan, Banyuwangi, Pontianak, Singkawang, Pemangkat Singkawang, Sintete Singkawang, Tri Sakti Banjarmasin, Kota Baru, Sampit, Balikpapan, Samarinda, Tarakan, Nunukan, Manado, Marore, Miangas, Tahuna, itung, Pantoloan Palu, Soekarno-Hatta Makassar, Pare-Pare, Kendari, Buleleng Bali, Benoa Bali, Padang Bai Bali, Benete Mataram, Lembar Mataram, Tenau Kupang, Maumere, Ambon, Ternate, Tual, Jayapura, Biak, Merauke, Amamapare Tembagapura, Sorong, Siak Sri Indrapura Siak.
4) 79 pos lintas batas, di provinsi :
Kalimantan Barat, Kalimantan Timur, Riau, Kepulauan Riau, Sulawesi Utara, Nusa Tenggara Timur, dan Papua.
5) 19 atase/konsul imigrasi pada Perwakilan RI di :
Bangkok, Beijing, Berlin, Den Haag, Kuala Lumpur Malaysia, Singapura, Tokyo, Davao, Hongkong, Jeddah, Los Angeles, Penang, Sydney, Taipei, Johor, Dili, Guang Zhou, Kuching, dan Tawao.
- Ketatalaksanaan
Hasil-hasil yang telah dicapai di bidang ketatalaksanaan sampai tahun 2003 adalah: (1) Pengolahan data kedatangan dan keberangkatan WNI/WNA di Direktorat Jenderal Imigrasi telah terekam yang dikirim dari tempat pemeriksaan imigrasi dengan sistem inteligent character recognation (ICR), (2) Perekaman dan penyimpanan data keimigrasian melalui electronic filing system, (3) Penyusunan pola umum kriteria klasifikasi kantor imigrasi, (4) Perencanaan SIMKIM, standarisasi pola umum bangunan UPT imigrasi dan standarisasi pelayanan imigrasi.
- Sumber Daya Manusia
Pada era globalisasi ini diperkirakan pelanggaran keimigrasian akan meningkat dan lebih canggih sebagai ekses meningkatnya jumlah dan frekuensi lalulintas orang antarnegara. Keberadaan dan kegiatan orang asing di wilayah Indonesiaakan semakin meningkat. Untuk itu Direktorat Jenderal Imigrasi memerlukan sumber daya manusia (SDM) yang lebih berkualitas, profesional, memiliki etos kerja yang baik, berdedikasi tinggi dan bermoral. Implementasi kebijakan pengembangan SDM yang bersinergi dengan penataan sistem kelembagaan dan ketatalaksanaan, antara lain dilakukan dengan penyelenggaraan: (1) Pembukaan kembali Akademi Imigrasi Tahun 2000, (2) Pendidikan dan Pelatihan Teknis Keimigrasian, dan (3) Pendidikan dan Latihan Penjenjangan. Selain itu program pendidikan luar negeri bagi pejabat/pegawai imigrasi mulai dilaksanakan yang bersifat akademis yaitu Strata S-2 (Magister/Master) dan Strata S-3 (Doktoral/PhD), maupun shortcourse (diklat singkat), antara lain di Negara Australia, Taiwan, Jepang, dan Korea Selatan. Untuk dalam negeri juga telah dikembangkan program pendidikan beasiswa bekerja sama dengan perguruan tinggi negeri antara lain Universitas Indonesia dan Universitas Padjajaran. Ini tidak termasuk dengan peningkatan kapasitas pegawai imigrasi secara personal yang bersifat swadaya dengan menempuh pendidikan baik Strata S-1 maupun pascasarjana di beberapa perguruan tinggi terkemuka seperti Universitas Diponegoro, Universitas Sumatera Utara, Universitas Udayana, Universitas Sebelas Maret, dan lainnya.

Kunjungan Menteri Hukum dan HAM, Amir Syamsudin, Wakil Menteri Hukum dan HAM, Denny Indrayana,
dan Inspektur Jenderal Kemenkumham, Sam L. Tobing terkait SIMKIM.
- Sarana dan Prasarana
Program pengembangan sarana dan prasarana yang difokuskan oleh Direktorat Jenderal Imigrasi antara lain: (1) Pembangunan fisik gedung kantor-kantor Imigrasi di daerah, (2) Pembangunan fisik rumah detensi imigrasi, (3) Peningkatan fasilitas pos lintas batas di daerah-daerah perbatasan antarnegara, (4) Pengadaan fasilitas visa on arrival/visa kunjungan saat kedatangan di beberapa bandara internasional, (5) Pengadaan full inteligent character recognation (ICR) di beberapa unit pelaksana teknis yang membawahi tempat pemeriksaan imigrasi (TPI), (6) Pengadaan electronic filing system di Direktorat Jenderal Imigrasi, (7) Perencanaan pembangunan sistem informasi manajemen keimigrasian (SIMKIM), (8) Pembangunan laboratorium forensik di Direktorat Jenderal Imigrasi, (9) Pengadaan alat EDISON untuk mengetahui spesifikasi paspor kebangsaan seluruh negara, (10) Pengadaan alat untuk mendeteksi dokumen palsu, (11) Rencana pembangunan border management information system dan alert system bekerja sama dengan Department of Imigration and Multi Cultural and Indigeneous Affairs (DIMIA) dan International Organization for Migration (IOM).
- Pengaturan Keimigrasian
Pada era reformasi Direktorat Jenderal Imigrasi telah melakukan beberapa pengaturan mengenai masalah keimigrasian antara lain: (1) Pengaturan bebas visa secara resiprokal, dan pengaturan visa on arrival (VOA), (2) Pengaturan visa khusus bagi turis lanjut usia (Lansia), (3) Pengaturan fasiltas APEC business travel card (ABTC), (4) pengawasan, penangkalan dan penindakan orang asing, (5) visa stiker, (6) kerja sama keimigrasian baik di dalam negerimaupun di luar negeri, (7) pendeportasian imigran ilegal, (8) Kasus pemalsuan paspor paspor untuk TKI, (9) pencegahan dan penangkalan, (10) clearence house (CH), yaitu forum koordinasi dengan anggota terdiri dari instansi yang menangani orang asing untuk melakukan penelitian dalam rangka memberikan persetujuan visa bagi negara-negara tertentu yang dikategorikan sebagai negara rawan dari sisi ipoleksosbudhankamnas serta keimigrasian.

Rapat Tim Pengawasan Orang Asing Tingkat Pusat (TIM PORA).